De Milieuboot speelt een maatschappelijk relevante rol op vlak van het duurzaam en integraal waterbeheer van de Vlaamse rivieren en kanalen, duurzame ontwikkeling en biodiversiteit. Een belangrijk streefdoel is jongeren en volwassenen via informatie, educatie en sensibilisatie een beter inzicht te geven in de milieuproblematiek en de natuurontwikkeling in en rond water en waterlopen.